De Centrale Medezeggenschapsraad (CMR) behartigt de belangen van zowel HvA-studenten als -medewerkers over de hele HvA. De deelraden doen hetzelfde op faculteitsniveau.

De medezeggenschapsraden praten met het bestuur over onderwijskwaliteit, financien, faciliteiten, studenten- en medewerkerszaken. Voor bepaalde besluiten die het bestuur neemt is instemming van de betreffende medezeggenschapsraad nodig, in andere gevallen geeft de raad advies. De raden hebben ook initiatiefrecht. Ze kunnen zelf onderwerpen op de agenda zetten waarop het bestuur verplicht is een reactie te geven.

Medezeggenschapsraden worden gevormd door een gelijk aantal studenten en medewerkers. Alleen in de deelraad Staven en Diensten zetelen uitsluitend medewerkers. Raadsleden worden tweejaarlijks gekozen.